Главный герой Чарли Гордон, человек с умственными особенностями, становится участником экспериментальной операции, способной значительно повысить его интеллект. На фоне его стремительного интеллектуального роста разворачивается процесс личностных изменений: радость от новых возможностей, болезненные открытия об окружающем мире, осознание собственной ценности и неизбежное столкновение с одиночеством.

Рассказ выполнен в форме отчётов о происходящем от лица Чарли, которые его обязывают писать учёные.

При повышении интеллектуальных способностей в тексте произведения постепенно исчезают многочисленные орфографические и пунктуационные ошибки, усложняется стилистика.

«Цветы для Элджернона» — это не только история одного человека, но и приглашение к размышлениям о себе. Книга напоминает, что наша ценность не зависит от того, насколько мы «умны» или «успешны». Главное — это осознание себя, принятие своей человечности и умение строить искренние отношения с другими.